Dans un communiqué, la Coordination des mouvements de l'Azawad lance l'alerte et appelle à l'aide les organisations humanitaires présentes au Mali. Elle évoque des cas de « fièvre mortelle de nature inconnue » sévissant dans plusieurs localités du Nord où ces groupes armés sont présents, dans les régions de Tombouctou et Gao. Au total, ces fièvres auraient fait une centaine de morts, selon la CMA.
Plusieurs pistes sont possibles pour mettre un nom sur cette « fièvre » non identifiée. La première, c'est le paludisme. « On a noté depuis maintenant plusieurs semaines une forte augmentation de cas de paludisme, explique Sarah Château, la chef de mission de Médecins sans frontières au Mali. Et on associe pour l’instant cette fièvre à l’augmentation de cas de paludisme dans la région. Il y a vraiment une augmentation de la pluviométrie. On a encore dans la ville de Tombouctou des zones avec des eaux stagnantes tellement il y a eu une forte pluie et une population qui n’est pas habituée à ces cas de paludisme. Donc qui n’a pas encore les réflexes pour le traiter quand il est encore simple. »
En conséquence, MSF a renforcé ses équipes dans le cercle de Tombouctou pour prendre en charge les cas de paludisme. Le chef d'une autre ONG médicale présente dans la zone et qui ne souhaite pas être cité avance quant à lui une autre hypothèse : la méningite..