Dans un rapport intitulé "Mali : retour sur cinq mois de crise", Amnesty International décrit le chaos qui s'est installé dans tout le nord du pays, tombé aux mains de rebelles touareg et d'islamistes, et documente violences et arrestations arbitraires pratiquées par les militaires putschistes dans le Sud.
Gaëtan Mootoo, chercheur sur l'Afrique de l'Ouest à Amnesty International et un des auteurs du rapport, estime que "le Mali est confronté à la plus grave crise depuis son indépendance en 1960". Une crise qui avait poussé "fin avril 300 000 personnes à quitter le nord" du pays, dans un contexte de pénurie alimentaire qui "affecte 15 millions de personnes dans la région du Sahel".
Le Mali est coupé en deux depuis la fin mars : après un putsch militaire qui a renversé le président Amadou Toumani Touré le 22 mars, des rebelles touareg, des islamistes et d'autres groupes armés, actifs depuis janvier, ont pris le contrôle des principales villes du nord : Kidal, Gao et Tombouctou. Amnesty International, qui a enquêté pendant trois semaines en avril dans la capitale malienne, Bamako, mais aussi dans quatre camps de réfugiés au Niger voisin, estime que "toutes les parties au conflit ont commis et continuent de commettre des violations" des droits de l'homme.