L’éducation redevenait une priorité, mais était étouffée par le manque de moyens. En juillet 1994, l’enseignement privé était reconnu par l’État. Les écoles communautaires ont été créées par des communautés villageoises qui bénéficiant de la reconnaissance et du soutien de l’État. De 1997 à 1998, les 1 369 écoles communautaires accueillaient plus de 83 360 élèves.
En 1996, faisant face aux critiques du système éducatif et de ses faiblesses, les autorités maliennes ont décidé de créer un programme pluriannuel. En 1999 était donc validé avec la Banque mondiale le Programme décennal (Prodec) qui fixait comme objectif d’atteindre un taux brut de scolarisation de 95 % au premier cycle de l’enseignement fondamental à l’horizon 2010.